1. מחקר בסיסי על חומצות גרעין: שיבוט גנומי
2. PCR אסימטרי להכנת DNA חד-גדילי לרצף DNA
3. קביעת אזורי DNA לא ידועים על ידי PCR הפוך
4. שיעתוק הפוך PCR (RT-PCR) משמש לזיהוי רמת ביטוי הגנים בתאים, כמות נגיף ה-RNA ושיבוט ישיר של cDNA של גנים ספציפיים
5. PCR כמותי פלואורסצנטי משמש לניטור בזמן אמת של מוצרי PCR
6. הגברה מהירה של קצוות cDNA
7. איתור ביטוי גנים
8. יישומים רפואיים: איתור מחלות חיידקיות וויראליות;אבחון של מחלות גנטיות;אבחון של גידולים;הוחל על ראיות משפטיות