ההליך הכללי למיצוי שלב מוצק הוא כדלקמן:

1. הפעלת הסופח: יש לשטוף את מחסנית מיצוי הפאזה המוצקה בממס מתאים לפני חילוץ הדגימה כדי לשמור על הספיח רטוב, שיכול לספוג תרכובות מטרה או תרכובות מפריעות.מצבים שונים של הפעלת מחסנית מיצוי פאזה מוצקה משתמשים בממסים שונים:

(1) סופחים קוטביים חלשים או לא קוטביים המשמשים במיצוי פאזה מוצקה הפוכה נשטפים בדרך כלל בממס אורגני מסיס במים, כגון מתנול, ולאחר מכן נשטפים במים או בתמיסת חיץ.כמו כן, ניתן לשטוף בממס חזק (כגון הקסאן) לפני שטיפה במתנול על מנת לסלק זיהומים שנספגו על הסופח והפרעות שלהם לתרכובת המטרה.

(2) הסופח הקוטבי המשמש במיצוי פאזה מוצקה רגילה נפלט בדרך כלל עם הממס האורגני (מטריקס דגימה) שבו נמצאת תרכובת המטרה.

(3) ניתן לשטוף את הסופח המשמש למיצוי פאזה מוצקה מחליפת יונים עם ממס הדגימה כאשר הוא משמש לדגימות בממסים אורגניים לא קוטביים;כאשר הוא משמש לדגימות בממיסים קוטביים, ניתן לשטוף אותו עם ממיסים אורגניים מסיסים במים לאחר הכביסה, יש לשטוף עם תמיסה מימית בעלת ערך pH מתאים ומכילה ממיסים ומלחים אורגניים מסוימים.

על מנת לשמור על הסורבנט במחסנית SPE רטוב לאחר ההפעלה ולפני הוספת הדגימה, יש לשמור כ-1 מ"ל מהממס להפעלה על הסורבנט לאחר ההפעלה.

2. טעינת דגימה: שפכו את הדגימה הנוזלית או המוצקה המומסת לתוך מחסנית מיצוי הפאזה המוצקה המופעלת, ולאחר מכן השתמשו בוואקום, בלחץ או בצנטריפוגה כדי לגרום לדגימה להיכנס לסופח.

3. כביסה ואלוציה: לאחר שהדגימה נכנסת לסופח וספיגת תרכובת המטרה, ניתן לשטוף את התרכובת המפריעה שנשמרה בצורה חלשה עם ממס חלש יותר, ולאחר מכן ניתן לשטוף את תרכובת המטרה עם ממס חזק יותר ולאסוף..שטיפה ואלוציה כפי שתואר קודם לכן, ניתן להעביר את ה-eluent או eluent דרך הסופח באמצעות ואקום, לחץ או צנטריפוגה.

אם הספיח נבחר לספיחה חלשה או ללא ספיחה לתרכובת המטרה וספיחה חזקה לתרכובת המפריעה, ניתן גם לשטוף ולאסוף את תרכובת המטרה, תוך שהתרכובת המפריעה נשמרת (ספיחה).) על הסופח, השניים מופרדים.ברוב המקרים, תרכובת המטרה נשמרת על הסופח, ולבסוף נפלטה עם ממס חזק, אשר תורם יותר לטיהור הדגימה.