الیگونوکلئوتید (Oligonucleotide)، به طور کلی به یک قطعه پلی نوکلئوتیدی خطی از 2-10 باقیمانده نوکلئوتیدی اشاره دارد که توسط پیوندهای فسفودی استر به هم متصل شده اند، اما وقتی از این اصطلاح استفاده می شود، تعداد باقی مانده های نوکلئوتیدی هیچ مقررات دقیقی وجود ندارد.در بسیاری از متون، مولکول های پلی نوکلئوتیدی حاوی 30 یا بیشتر باقی مانده نوکلئوتید نیز الیگونوکلئوتید نامیده می شوند.الیگونوکلئوتیدها را می توان به طور خودکار توسط ابزار سنتز کرد.آنها می توانند به عنوان آغازگرهای سنتز DNA، پروب های ژن و غیره استفاده شوند و کاربردهای گسترده ای در تحقیقات زیست شناسی مولکولی مدرن دارند.

کاربرد

الیگونوکلئوتیدها اغلب به عنوان پروب برای تعیین ساختار DNA یا RNA استفاده می شوند و در فرآیندهایی مانند تراشه ژن، الکتروفورز و هیبریداسیون درجا فلورسانس استفاده می شوند.

DNA سنتز شده توسط الیگونوکلئوتید را می توان در واکنش پلیمریزاسیون زنجیره ای استفاده کرد که می تواند تقریباً تمام قطعات DNA را تقویت و تأیید کند.در این فرآیند، اولیگونوکلئوتید به عنوان یک آغازگر برای ترکیب با قطعه مکمل نشاندار شده در DNA برای ایجاد یک کپی DNA استفاده می شود..

اولیگونوکلئوتیدهای تنظیمی برای مهار قطعات RNA و جلوگیری از تبدیل آنها به پروتئین استفاده می شود که می تواند نقش خاصی در توقف فعالیت سلول های سرطانی داشته باشد.